Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan Medan didirikan pada tahun 1999 dan dinamakan BPFK Pos Medan di bawah bimbingan BPFK Jakarta, beralamat di Jl. Bunga Lau No. 17 Asrama Perawat RSUP Haji Adam Malik Medan.

Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan No. 1164/MENKES/SK/VIII/2000 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan dibentuklah BPFK Medan Tipe B dengan Struktur Organisasi : Kepala Balai , Ka.SubBag Tata Usaha, Ka. Sie. Pelayanan Teknis dan  Kelompok Tenaga Fungsional. Dimana Kepala Balai adalah Jabatan struktural Eselon IIIb dan Ka.SubBag. Tata Usaha, Ka. Sie. Pelayanan Teknis adalah Eselon  IVb.

BPFK merupakan Unit Pelayanan Teknis di bidang Pengamanan Fasilitas Kesehatan di lingkungan Direktorat Jenderal Bina Upaya Kesehatan Kementerian Kesehatan RI yang beralamat di Jl. HR. Rasuna Said Blok-X5 Kav.4-9 Kuningan Jakarta Selatan dan mempunyai tugas melaksanakan pengujian, kalibrasi dan Proteksi Radiasi fasilitas kesehatan di lingkungan instansi Pemerintah maupun Swasta. Wilayah Kerja BPFK Medan meliputi : Provinsi NAD, SUMUT, SUMBAR, RIAU, KEPULAUAN RIAU, JAMBI DAN BENGKULU.

Seiring dengan perkembangan pelayanan BPFK Medan, maka pada Tahun 2002 BPFK Medan resmi pindah dan menempati Kantor di Jl. KH.Wahid Hasyim No. 15 Medan, berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen kesehatan Provinsi Sumatera Utara NO.PL.01.02.1.3663-A, tanggal 24 Juni 2000, TENTANG : PEMBERIAN IZIN PENGGUNAAN KANTOR, yang salah satu isi keputusannya : Menetapkan Gedung Ex. Depot Farmasi yang beralamat di Jl. KH.Wahid Hasyim No. 15 Medan sebagai Gedung Kantor Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan (BPFK) Medan.

Pada tahun 2007 kembali dilakukan penataan Organisasi BPFK dengan Terbitnya Permenkes No. 530/MENKES/PER/IV/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan. Pada Permenkes ini Struktur Organisasi BPFK Medan tetap tipe B namun terjadi penambahan Struktur Kepala Balai menjadi Eselon IIIa,  dan Ka.SubBag Tata Usaha, Ka. Sie. Pelayanan Teknis, Ka. Sie. Tata Operasional adalah Eselon IVa.